आन्तरिक लेखापरीक्षण शाखा:
- वार्षिक कार्य योजना तयार गरी स्वीकृत गराउने,
- स्वीकृत कार्ययोजना अनुसार आ.ले.प योजना तयार गरी त्रैमासिक रुपमा नियमितता, मितव्ययीता, कार्यदक्षता र प्रभावकारिताका आधारमा आन्तरिक लेखापरीक्षण गर्ने, सम्बन्धित प्रदेश सरकार तथा स्थानीय तहबाट अनुरोध भई आएमा जिल्ला स्थित प्रदेश र स्थानीय तहका कार्यालयहरुको आन्तरिक लेखा परीक्षण गर्ने,
- त्रैमासिक रुपमा सम्पन्न गरेको आन्तरिक लेखापरीक्षण प्रतिवेदन तयार गरी सम्बन्धित कार्यालय, तालुक निकाय र महालेखा नियन्त्रक कार्यालयमा पेश गर्ने,
- आन्तरिक लेखापरीक्षण प्रतिवेदनमा उल्लेख भएको बेरुजु फर्स्यौटको अवस्था जाँच गरी प्रतिवेदन गर्ने,
- आन्तरिक लेखापरीक्षण गर्दा देखिएको गंभिर त्रुटी, अनियमितता, मस्यौट वा हिनामिनाको तत्काल कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयका प्रमुख, विभागीय प्रमुख तथा सम्बन्धित सचिवलाई प्रतिवेदन गर्ने,
- आन्तरिक लेखापरीक्षणको वार्षिक प्रतिवेदन आर्थिक वर्ष समाप्त भएको २ महिनाभित्र गर्ने,
अन्तर सरकारी वित्त समन्वय शाखा:
- विभाज्य कोषको व्यवस्थापन गर्ने,
- प्रदेश तथा स्थानीय तहमा हुने वित्तीय हस्तान्तरणको लागि विनियोजन ऐनमा तोकिए अनुसार छिटो छरितो र प्रभावकारी रुपमा कार्यान्वयन गर्ने,
- प्रदेश सरकार र स्थानीय तहको वित्तीय प्रणालीहरु सञ्चालनमा समन्वय र सहयोग गर्ने,
- प्रदेश र स्थानीय तहको वित्तीय प्रतिवेदन तयार तथा संकलन गर्न समन्वय तथा सहयोग गर्ने,
- जिल्लास्थित स्थानीय तहहरुलाई नेपाल सरकारबाट स्वीकृत अनुदान रकम हस्तान्तरण गर्ने,
- स्थानीय तह कोष व्यवस्थापन प्रणाली सञ्चालनमा सहयोग र सहजीकरण गर्ने।
प्रशासन तथा निवृत्तभरण व्यवस्थापन शाखा:
- कार्यालयको बजेट तयारी तथा आर्थिक प्रशासन सञ्चालन गर्ने,
- कार्यालयको आन्तरिक तथा अन्तिम लेखापरीक्षण गराउने,
- बेरुजुको लगत राख्ने, संपरीक्षण र प्रतिवेदन गर्ने,
- कार्यालयको कर्मचारी प्रशासन सम्बन्धी कार्य गर्ने,
- महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको प्रतिनिधीको रुपमा जिल्लाका कार्यालयहरुको आर्थिक कारोबारहरुको रेखदेख निरीक्षण गर्ने,
- जिल्लास्थित कार्यालयहरुलाई महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको नीति निर्देशन र प्रचलित कानूनको अधिनमा रही राय सल्लाह दिने,
- निवृत्तभरण व्यवस्थापन सम्बन्धी कार्य गर्ने।
कोष व्यवस्थापन शाखा:
- जिल्लास्थित सङ्घीय र प्रादेशिक कार्यालयहरुको कोष सञ्चालन गर्ने,
- कार्यालयहरुबाट विनियोजन, राजस्व र धरौटी रकमको आम्दानी र खर्चको मास्केवारी लिई त्यसको जिल्लागत मास्केवारी तयार गरी महालेखानियन्त्रक कार्यालय पठाउने,
- कार्यालयहरुलाई निकासा दिने र निकासा रकमको विवरण बैंकबाट प्रमाणित गराई महालेखा नियन्त्रक कार्यालय पठाउने,
- कार्यालयहरुको आर्थिक विवरण तयार गरी सोको प्रतिवेदन मलेनिका र सम्बन्धित कार्यालयको तालुक निकायमा पठाउने।